Was sind DNA Microarrays?
- verschiedene cDNA oder Oligonucleotide reagieren mit unterschiedlichen Genen, welche auf einem einzelnen Glasobjektträger oder einer Membran fixiert sind
- Prinzip: Basenpaarung oder Hybridisierung (A-T, G-C)
Warum brauchen wir DNA Microarray?
- an biologische Prozessen sind viele verschiedene Gene beteiligt
- man kann gleichzeitig viele verschieden Gene untersuchen
DNA Microarray
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man unterscheidet zwischen cDNA arrays (500-5000 bp cDNA sind gespottet spotted auf Slides oder Membranen) und Oligonucleotid-Arrays (20-80 mer oligos werden insitu auf Slides synthetisiert oder gespottet)
Datenanalyse
Entscheidend für die Interpretation der erhaltenen Daten aus den Microarrays ist die Datenanalyse. Folgende Berechnungen sind von nöten:
- Normalisation der Daten - beseitigt Messabweichungen
- Transformation - Daten werden vergleichbar gemacht
- Cluster-Analyse - Einteilung der Gene nach ihrer Expression, um ein Muster erkennen zu können
- Charakterizierung der Gene - Einteilung der Gene, um biologische Funktionen erkennen zu können
Beispiel eines experimentalen Designs: (Quelle: Labor Prof. Dr. med. Ulrich Hengge, Universitätshautklinik Düsseldorf)
- 316 dysregulierte Gene wurden in der Raptiva-Studie gefunden:
- dysregulierte Gene, die in psoriatischen Proben gefunden wurden, stehen in Zusammenhang mit der Kertinozytenbildung, Entwicklung der Epidermis, Immunreaktionen und entzündlichen Prozessen.
- Die meisten dieser Psoriasis-Gene gehören den Cluster-Gruppen 4 und 6 an.
- Die Raptiva-Therapie dämmt verschiedene Genaktivitäten innerhalb der ersten vier Wochen signifikant.
